การเลี้ยงจระเข้ในเมืองไทยมีการแบ่งสายพันธุ์จระเข้ออกเป็น 2 สายพันธุ์หลักๆ คือ จระเข้น้ำจืดหรือจระเข้พันธุ์ไทย และจระเข้น้ำเค็ม หรือ จระเข้ปากแม่น้ำ โดยจระเข้พันธุ์ไทยมีถิ่นกำเนิดอยู่ในประเทศเวียดนาม ลาว และไทย เป็นจระเข้ขนาดปานกลางค่อนมาทางจระเข้ขนาดใหญ่ มเกล็ดท้ายทอย ความยาวเฉลี่ยประมาณ 3-5 เมตร

สำหรับจระเข้น้ำเค็มมีถิ่นกำเนิดอยู่ในประเทศศรีลังกา พม่า ไทย อินโดนีเซีย ฟิลิปปินส์และออสเตรเลีย นับว่าเป็นจระเข้ขนาดใหญ่ท่สุด ไม่มีเกล็ดท้ายทอย

สำหรับการเลี้ยงจระเข้ในเมืองไทยจะดำเนินการใน 2 รูปแบบคือ การเลี้ยงเพื่อการท่องเท่ียว และการเลี้ยงเพื่อพัฒนาเป็นสัตว์เศรษฐกิจ

ในปัจจุบันนั้น ดูเหมือนว่าการเลี้ยงจระเข้น้ำจืดจะได้รับความนิยมเป็นอย่างมากในการเลี้ยงเพื่อขุนมากกว่าจระเข้พันธุ์น้ำเค็ม เนื่องจากจระเข้พันธุ์น้ำจืด เป็นจระเข้พันธุ์ที่เหมาะจะเลี้ยงในเชิงการค้ามากกว่า และมีการออกไข่เร็วกว่าจระเขพันธุ์น้ำเค็ม กล่าวคือ เมื่อจระเข้พันธุ์น้ำจืดอายุย่างเข้าปีที่ 8 ตัวเมียจะเริ่มไข่ได้แล้ว ซึ่งหากเปรียบเทียบระหว่างจระเข้ตัวเมียของจระเข้ทั้งสองสายพันธุ์ที่มีอายุเท่ากัน จะพบว่าการไข่ของจระเข้น้ำจืดจะมีความสมบูรณ์เต็มที่ ทำให้อัตราไข่ดีกว่าจระเข้พันธุ์น้ำเค็มมาก และเมื่อแม่พันธุ์จระเข้อายุมากขึ้นจะตัวใหญ่ขึ้น ไข่ก็ใบใหญ่ขึ้น ด้วยเหตุนี้เองทำให้จระเข้พันธุ์น้ำจืดเป็นที่นิยมเลี้ยงมากกว่าพันธุ์น้ำเค็มนั่นเอง

นอกจากนั้นแล้วยังมีปัจจัยต่างๆ ที่เป็นเหตผลให้คนหันมานิยมเลี้ยงจระเข้พันธุ์น้ำจืดกันมากขึ้น เกษตรกรสามารถหาพันธุ์ที่หาง่ายจะส่งผลให้ได้ผลผลิตที่ดีและรวดเร็วที่สุด เลี้ยงง่าย ไม่ยุ่งยาก สะดวก เจริญเติบโตได้เร็ว คุ้มค่า ลงทุนไม่มาก กำไรงาม

ในขณะเดียวกันจระเข้น้ำจืดจะได้ลูกเร็วกว่า คือ เมื่อเริ่มอายุเข้า 8-12 ปี ก็ออกไข่ให้ลูกได้แล้ว ในขณะที่หากเป็นจระเข้น้ำเค็มจะเริ่มเจริญพันธุ์เต็มที่ในตัวผู้เมื่ออายุประมาณ 16 ปี และตัวเมียอายุ 10 ปีจึงจะออกไข่ให้ได้ลูก นับว่าล่าช้ามาก ไม่ทันเวลา จะต้องอดทนเลี้ยงไปด้วยเวลาอันยาวนานมาก สิ้นเปลืองอาหารและสิ้นเปลืองเวลาด้วย